在進行分子蒸餾之前，一定要認真的檢查設備是否有損壞、接口是否吻合，注意拿的時候要輕拿輕放；一定要保持接口的清潔，可以用軟布擦拭，也可以真空脂涂膜都是不錯方式。設備的接口不能太緊，所以要保持一定的松動性，否則會影響功效發揮。

開始工作時候一定要保持機械從低到高速運行，同時關機的話必須保持機械停止了旋轉方可以。每次使用分子蒸餾設備后應該及時的進行清理，保持機械的清潔干凈，從而更好的提升機械的工作性能發揮，所以定期對密封圈進行清潔是相當必要的保養措施，使用過程中一定要注意防潮防水性能，以免造成導電現象發生。

分子蒸餾裝置拆卸法蘭螺絲時應對角拆卸或緊固，而且按步驟執行，特別是拆卸時，確認已經無液體時再卸下，以免液體噴出，并且注意管口下面不能有人。檢修蒸發器要將物料排放干凈，并用熱水清洗處理，再用冷水進行冒頂洗出處理。同時要檢查有關閥門是否能關死，否則加盲板，以防檢修過程中物料竄出傷人。

分子蒸餾裝置設置多個測溫點，可判斷靈敏板位置，判斷塔操作是否穩定，學會操作要領；學習壓力和回流比的控制和調節，可在線檢測；對原料進行加熱觀察，可實現多種進料熱狀況進料。